准噶尔盆地东部侏罗系可划分出6个沉积层序和2个构造层序,下部构造层序包含层序Ⅰ~Ⅳ,上部构造层序包含层序Ⅴ~Ⅵ。在6个沉积层序中,发育了冲积扇、河流、三角洲、湖泊沉积体系,并识别出湿地扇、辫状河、辫状河三角洲及曲流河、正常三角洲、滑塌浊积扇、滨湖、浅湖等沉积环境。沉积体系的分布和演化具有明显的继承性,发育有南、北两个物源区,层序I,北物源充足,形成冲积扇-辫状河-辫状河三角洲沉积体系;层序Ⅱ~Ⅲ,湖盆扩张,北物源总体退却,形成了曲流河-正常三角洲-滑塌浊积扇-湖泊沉积体系;层序Ⅳ~Ⅴ,受南物源控制形成小型曲流河三角洲;至层序Ⅵ,盆地急剧萎缩消亡,形成广布的曲流河沉积。昌吉凹陷及斜坡区的含煤地层,尤以层序Ⅲ湖侵泥岩最具生烃潜力,彩南及斜坡区层序Ⅲ曲流河、三角洲砂体为主要储层,三台及北三台地区油气储层主要为层序Ⅱ,Ⅲ,Ⅴ三角洲前缘水下分流河道砂体及层序Ⅵ曲流河道砂坝。